هیأت امنای دانشگاه حضرت معصومه (س) با هیأت امنای دانشگاه های قم، صنعتی قم و آیت الله بروجردی مشترک می باشد.
وظایف و اختیارات هیأت های امنای دانشگاه ها در قوانین و مقررات مربوط تعریف شده و اصولاً تصمیمات کلان در حوزه اداری و مالی دانشگاه توسط هیأت امنا اتخاذ می شود.
اعضای حقیقی هیأت امنای دانشگاه حضرت معصومه (س) که با حكم رییس جمهور محترم در سال 1390 منصوب گردیدند عبارتند از: آیت الله محمد مؤمن، آیت الله صادق آملی لاریجانی، حجت الاسلام محمود رجبی، حجت الاسلام غلامرضا فیاض، حجت الاسلام علی رضا اسلامیان و حجت الاسلام سیداحمدرضا شاهرخی.
علاوه بر اعضای حقیقی، افرادی نیز به عنوان اعضای حقوقی، در تركیب هیأت امنای دانشگاه حضور دارند. این اعضاء عبارتند از:
جناب آقای دكتر محمد علی زلفی گل؛ وزیر علوم، تحقیقات و فناوری ،رییس هیأت امنا، جناب آقای دکتر سلیمانی؛ مشاور وزیر و رییس مركز هیأت های امنا و ممیزه مركزی، جناب آقای دکتر محمد روشن؛ نماینده وزیر و رییس كمیسیون دائمی هیأت امنا، جناب آقای مهندس حسین شفیعی؛ نماینده سازمان مدیریت و برنامه ریزی كشور، حجت الاسلام دكتر عسگر دیرباز؛ رئیس دانشگاه قم و دبیر هیأت امناء، سرکار خانم دكتر مریم بردبار؛ سرپرست دانشگاه حضرت معصومه(س)، جناب آقای دکتر حسن مروتی؛ رییس دانشگاه آیت الله بروجردی، جناب آقای دکتر جلال رضایی نور؛ سرپرست دانشگاه صنعتی قم و جناب آقای دکتر سعید فراهانی فرد؛ معاون پژوهشی دانشگاه قم.