انجمن های علمی – دانشجویی دانشگاه هر ساله پس از برگزاری انتخابات و مشخص شدن اعضای جدید فعالیت رسمی خود را زیر نظر شورای دبیران وتحت نظارت مدیریت فرهنگی و اجتماعی دانشگاه آغاز می کنند. دوره جدید انجمن های علمی نیزبا تکیه بر تجربیات فعالین سال های گذشته در این نهاد سعی بر آن دارند تا با استفاده و تقویت روز افزون نقاط قوت و کاستن بیش از پیش نقاط ضعف بر اقتدار و شایستگی هر چه بیشتر خود بیفزاید و با دادن شتاب سازنده به عقلانیت و تعهد انسان ساز در مسیر وظیفه بزرگ ، تاریخی و غرور آفرین خود یعنی تبدیل شدن به نمونه ی واقعی دانشگاه تمدن ساز ایرانی – اسلامی که یک هدف ملی و ایمانی است، گامهای اساسی و بنیادی بردارد.در همین راستا شورای دبیران انجمن های علمی متشکل از دبیران دانشکده ها تمامی تلاش خود را در جهت نهادینه شدن حس تعهد در بین اعضا برای تدام حرکت در مسیر اهداف انجمن های علمی خواهد داشت . لازم بذکر است انجمن های علمی دانشجویی در دانشگاه حضرت معصومه(س) به شکل نوین آن ودر قالب آیین نامه وزارتی از سال 1386 در این دانشگاه شکل گرفته است.انجمن های ذیل هم اكنون در دانشگاه تشكیل شده است:
مدیریت/زبان انگلیسی/حقوق/ فقه و حقوق/ علوم قرآنی/ حسابداری