اداره امور خوابگاه ها یکی از مهمترین و حساس ترین ادارات تابعه معاونت دانشجویی و فرهنگی بوده که انجام برنامه ریزی "اسکان" و "سکونت" دانشجویان غیربومی را برعهده دارد . از آنجایی که مجموعه قوانیین و مقررات "نحوه اسکان" و "نحوه سکونت" دانشجویان خوابگاهی براساس " مجموعه مقررات و دستورالعمل های خوابگاه های دانشجویی دانشگاه ها و موسسات آموزش عالی " مصوب وزارت علوم ، تحقیقات و فناوری" تنظیم گردیده این اداره نیز سیاست های کلی و چارچوب اصلی قوانین موضوعه را سر لوحه انجام وظایف و برنامه های خود می داند.
خوابگاه دانشجویی بخشی از دانشگاه محسوب می شود که برای سکونت دانشجویان در نظر گرفته شده و باید به گونه ای برنامه ریزی و اداره شود که باعث تامین آرامش روحی و فکری و ارتقای تحصیلی دانشجویان گردد.
دانشگاه حضرت معصومه در حال حاضر دارای یك خوابگاه ملكی با ظرفیت 420 نفر و طرف قرار با خوابگاه غیر دولتی خارج از محوطه ی دانشگاه با ظرفیت 1050 نفر با مشخصات و ویژگی های ذیل می باشد.
خوابگاه ملكی: خوابگاه دانشجویی دانشگاه حضرت معصومه(س) در سال 1389 با زیربنای 3520 متر مربع و حیاط مركزی 504 متر مربع، تكمیل و در سال 1395-1396 به بهره برداری رسید.فاصله خوابگاه از ساختمان آموزشی دانشگاه حدود 400  متر مربع می باشد.
و هم اكنون این خوابگاه تحت نظر مدیریت امور دانشجویی، با یك نفر به عنوان مسئول خوابگاه چهار نفر متصدی خوابگاه و تعداد سه نفر نیروی خدمات و یك نفر نیروی تاسیسات خانم در حال خدمات رسانی به دانشجویان غیر بومی می باشد.
ظرفیت خوابگاه ملكی دانشگاه حضرت معصومه(س) 420 نفر  در چهار بلوك سه طبقه و 61 اتاق 6 و 8 نفره می باشد.
آدرس خوابگاه: قم، بلوار غدیر، روبروی ورزشگاه یادگار امام
امكانات خوابگاه
• امكانات تجهیزاتی خوابگاه: اجاق گاز، آب سرد كن، ماشین لباسشویی، اتو، جارو برقی، تلویزیون
• امكانات تجهیزاتی اتاق ها: یخچال، كمد ام دی اف، پرده، موكت، تخت خواب،تشك ابری، جاكفشی چوبی، چوب لباسی و رخت آویز فلزی،  سیستم حرارتی(شوفاژ) و برودتی(كولر آبی)
• امكانات فرهنگی: سالن مطالعه، سایت کامپیوتری متصل به اینترنت، نمازخانه و سالن تلویزیون
• امكانات ورزشی: سالن بدن سازی، ایستگاه تندرستی، زمین والیبال و پیست دوچرخه سوار
• امكانات رفاهی: فروشگاه مواد غذایی، سرویس ایاب و ذهاب به داخل شهر
• امكانات مشاوره: دفتر مشاوره وارائه مشاوره های تخصصی به دانشجویان خوابگاهی
خوابگاه غیر دولتی: خوابگاه دخترانه اندیشه دانشگاه مفید؛ این خوابگاه دارای چهار بلوک بوده که دارای سالن های مطالعه، نمازخانه،تربیت بدنی، تلویزیون، سایت کامپیوتر، فروشگاه، اتاق و دیگر امکانات رفاهی از قبیل آشپزخانه، آب شیرین،تخت، تشک، یخچال، اجاق گاز و ...  می باشد.
خوابگاه دارای محوطه داخلی روباز به مساحت حدود 3000 هزار متر مربع می باشد که امکان نصب امکانات مربوط به بعضی از ورزش ها همچون والیبال، بسکتبال، فوتبال و غیره در آن وجود دارد.
آدرس خوابگاه: قم- 45 متری صدوق- میدان مفید- خیابان شهید کریمی(بنیاد)- کوچه شماره یک- مجتمع خوابگاهی دختران دانشگاه مفید
(هزینه ی خوابگاه غیر دولتی مفید هرساله در جلسه ی كمیسیون نظارت و ارزیابی خوابگاه های غیر دولتی استان؛ متشكل از معاونین دانشجویی و فرهنگی تمامی دانشگاه های استان، نماینده ی صندوق رفاه و تعدادی از مسئولین استانی نرخ گذاری می گردد.)
صورتجلسه ی نرخ گذاری سال تحصیلی 1395-1396
صورتجلسه ی نرخ گذاری سال تحصیلی 1396-1397