برگزاری کرسی‌های آزاداندیشی در دانشگاه‌ها، نخستین بار در سال 1386 از سوی مقام معظم رهبری مطرح شد و سپس در سال 1388، معظم له بر لزوم برگزاری این کرسی‌ها تأکید فرمودند. برگزاری کرسی‌های آزاداندیشی در دانشگاه‌ها به منظور ایجاد فضایی آزاد و به دور از هرگونه مشکل برای بیان دغدغه‌ها و تبادل نظر و اندیشه جامعه دانشگاهی مطرح شد. این کرسی‌ها در ادامه کرسی‌های نظریه‌پردازی که به سفارش مقام معظم رهبری، در حوزه اساتید برگزار می‌شد،‌ در دستور کار مسئولان وزارت علوم قرار گرفت. در نشست‌های نظریه پردازی عموماً اساتید در یک جمع داوری راجع به یک نظریه مرتبط با فضای علوم انسانی به بحث و تبادل نظر می‌پردازند. در حوزه دانشجویی این نیاز احساس شد که باید اقدامی صورت بگیرد و تریبونی در اختیار دانشجویان گذاشته شود تا در حوزه‌های مختلف فرهنگی، اجتماعی، علمی، اعتقادی، سیاسی و اقتصادی ابراز عقیده کنند.

دفتر امور فرهنگی دانشگاه حضرت معصومه(س) در راستای اجرای منویات رهبر معظم انقلاب اسلامی، تاکنون اقدام به برگزاری چندین کرسی آزاد اندیشی نموده است.