این مرجع عالیقدر موافقت خود با فعالیت دانشگاه دخترانه حضرت معصومه (س) و دانشگاه های تک جنسیتی را اعلام نموده و تاکید کرد که تا حد امکان اساتید و کارکنان این مجموعه هم جنس دانشجویان باشند.
ایشان با بیان اینکه کشورهای غربی نیز به این نتیجه رسیده اند که دانشگاه های عاری از مسائل دوجنسی پیشرفت علمی بیشتری دارند اضافه نمود: بدیهی است که هرچند قدرت ایمان انسان زیاد باشد به هر حال حواس شیطانی در درون انسان وجود دارد، لذا تا می شود باید مقدمات این افکار شیطانی را از بین برد.
حضرت آیت ا. سبحانی بخش دیگری از سخنان خویش را به رشته های تحصیلی این دانشگاه معطوف داشت و گفت: رشته های تحصیلی دختران را طوری تنظیم کنید که اولا آنها را مبلّغه بار بیاورد تا بتوانند در جامعه نقش تبلیغی داشته باشند. ثانیا آنها را خانه سالار بار بیاورد تا بتوانند نقش اصلی زن که استحکام نهاد خانواده است را به درستی ایفا کنند.

ایشان اضافه نمود: در دیدار اخیر با رئیس جمهور هم این مطلب را در میان گذاشتیم که اگر هزاران فرصت شغلی ایجاد نمایید اما زنان را به سمت وظیفه اصلی که خانه سالاری است سوق ندهید هم بنیان خانواده های تضعیف می شود و هم مردان نمی توانند از این فرصت ها استفاده نمایند.
در ابتدای این دیدار نیز دکتر علیرضا باقری ثالث رئیس دانشگاه حضرت معصومه (س) علاوه بر ارائه گزارشی پیرامون عملکرد و وضعیت دانشگاه تحت مدیریت خود، آینده این دانشگاه در عرصه آموزشی و عمرانی را توصیف نمود.
عالی ترین مقام مدیریتی دانشگاه حضرت معصومه(س) با بیان این نکته که رشته های تحصیلی برنامه ریزی شده متناسب با نیاز های زنان در جامعه خواهد بود گفت: رشته هایی همچون علوم قرآنی، کارشناسی مربیگری مهد های قرآنی و رشته هایی از این دست در آینده ای نزدیک به علاقه مندان ارائه خواهد شد.